{rfName}
Vi

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

85

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Mosquera MAutor o coautorVila JAutor o coautorMarcos MaAutor o coautor

Compartir

17 denovembre de 2021
Publicacions
>
Article
Sí

Viral culture confirmed SARS-CoV-2 subgenomic RNA value as a good surrogate marker of infectivity

Publicat a:Journal Of Clinical Microbiology. 60 (1): e0160921- - 2022-01-01 60(1), DOI: 10.1128/jcm.01609-21

Autors: Bravo, MS; Berengua, C; Marín, P; Esteban, M; Rodriguez, C; del Cuerpo, M; Miró, E; Cuesta, G; Mosquera, M; Sánchez-Palomino, S; Vila, J; Rabella, N; Marcos, MA

Afiliacions

Hosp Clin Barcelona, Inst Global Hlth Barcelona ISGlobal, Microbiol Dept, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Univ Autonoma Barcelona, Microbiol Dept, Hosp Santa Creu & St Pau, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Univ Barcelona, Hosp Clin, Inst Invest Biomed August Pi & Sunyer IDIBAPS, AIDS Res Grp, Barcelona, Spain - Autor o coautor

Resum

Determining SARS-CoV-2 viral infectivity is crucial for patient clinical assessment and isolation decisions. We assessed subgenomic RNA (sgRNA) as a surrogate marker of SARS-CoV-2 infectivity in SARS-CoV-2-positive reverse transcription PCR (RT-PCR) respiratory samples (n = 105) in comparison with viral culture as the reference standard for virus replication. sgRNA and viral isolation results were concordant in 99/105 cases (94%), indicating highly significant agreement between the two techniques (Cohen's kappa coefficient 0.88, 95% confidence interval [CI] 0.78 to 0.97, P < 0.001). sgRNA RT-PCR showed a sensitivity of 97% and a positive predictive value of 94% to detect replication-competent virus, further supporting sgRNA as a surrogate marker of SARS-CoV-2 infectivity. sgRNA RT-PCR is an accurate, rapid, and affordable technique that can overcome culture and cycle threshold (C-T) value limitations and be routinely implemented in hospital laboratories to detect viral infectivity, which is essential for optimizing patient monitoring, the efficacy of treatments/vaccines, and work reincorporation policies, as well as for safely shortening isolation precautions.

Paraules clau

covid-19infectivitysubgenomic rnaviral cultureArticleBiological markerBiomarkersBiosafetyClinical assessmentControlled studyCoronavirus disease 2019Covid-19Critical illnessDisease markerDisease severityGene amplificationGeneticsGenomic rnaHumanHumansInfectivityKappa statisticsLower respiratory tractMajor clinical studyNonhumanPatient monitoringPredictive valueReverse transcriptionReverse transcription polymerase chain reactionRnaRna extractionRna, viralSars-cov-2Sensitivity and specificitySevere acute respiratory syndrome coronavirus 2Subgenomic rnaUpper respiratory tractViral cultureVirus cultureVirus infectivityVirus isolationVirus loadVirus replicationVirus rnaVirus transmission

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal Of Clinical Microbiology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició 17/135, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Microbiology.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 3.25. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 14 Nov 2024)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 3.21 (font consultada: FECYT Febr 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions: 8.89 (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-04, el següent nombre de cites:

  • WoS: 32
  • Scopus: 34
  • Europe PMC: 18

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-04:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 31.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 31 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 5.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 8 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Bravo MS) i Últim Autor (Marcos Maeso, Mª Angeles).